Den 19 september 1866 invigdes järnvägen mellan Stockholm och Uppsala. Tre tåg om dagen i vardera riktning erbjöds resenärerna. Resan tog två och en halv timme.
Under 1870-talet tillkom bandelarna Uppsala-Heby, Uppsala-Gävle samt den smalspåriga Uppsala-Lännabanan i nämnd ordning.
Sedan 1913 har spårsystemet på bangården ändrats obetydligt. När spårvagnstrafiken kom till Uppsala, 1906, anlades ett spår med angöring till järnvägen.
I mitten av 1930-talet förlades också fjärrbusstrafiken till stationsområdet och busstationen uppfördes. På 1950-talet upphörde spårvägstrafiken och ersattes av stadsbussar.
Kulturhistoria
Stationshuset, Godsmagasinet med intilliggande kontorsbyggnad i norra änden, ställverksbyggnaden samt perrongtaken och bangården bildar tillsammans en genuin stationsmiljö.
Stationshuset och ställverket är statliga byggnadsminnen enligt regeringsbeslut 1986-08-21. Området väster om bangården ingår i Uppsala stadskärna som enligt beslut i kommunfullmäktige förklarats som särskild värdefull bebyggelsemiljö.
Öster om det nuvarande planområdet ligger Godsmagasinet med handel, restaurang och café. Det anses vara värdefullt ur kulturhistorisk och arkitektonisk synpunkt. Kvarteren öster om Frodeparken (utanför planområdet) har förklarats som särskilt värdefulla bebyggelsemiljöer i kommunfullmäktiges beslut.
Även området söder och sydväst om planområdet, kvarteren Gudur, Vale, Fjalar och Gugner innehåller bebyggelse som har kulturhistoriskt värde.
Hänsyn till befintliga och kulturhistoriska värden är en nödvändig utgångspunkt vid utformningen av nya anläggningar på och intill bangården.